До недавнего времени, самым сильным недостатком flash была чрезмерная нагрузка на центральный процессор, связанная с неэффективностью виртуальной машины Flash Player. Этот недостаток был перекрыт за счёт видеокарт нового поколения, которые способны предоставлять ресурсы своих вычислительных ядер (например, CUDA у nvidia) сторонним приложениям (аппаратное ускорение).

Вторым важным недостатком является необходимость установки самого Flash Player. К примеру, Apple отказался поддерживать Flash в своих устройствах и выбрал более перспективный HTML 5.